Терапията се извършва на цяло тяло, в зависимост от специфичната нужда, и е с продължителност средно около 45 минути.    

По време на лечението терапевтът нежно докосва и раздвижва мускулите, сухожилията и ставните връзки на специфични точки. Тези движения се прилагат в специална  последователност. Чрез тях започва отпускането на мускулите, гъвкавостта на фасцията и увеличаването на циркулацията на основни течности. Движенията служат за активиране на енергията  и постигане на възстановяване на цялото тяло.

Отличителна черта на Боуен е, че в определени моменти по време на лечението, терапевтът ще позволи на организма да си почине, като излиза от стаята или тихо сяда около вас. Това е важна част от лечението, защото така на тялото се дава време да реагира. Принципът на покой на тялото в продължение на няколко минути е от съществено значение, тъй като започва процес на ремонт. Продължителността на времето между процедурите ще се различава при всеки клиент. Тези почивки са един от най-малко разбираните принципи на терапията, но се считат за най-важни, защото това е времето, когато ремонтът на тялото започва.

Боуен движенията са леки и нежни, няма болезнени манипулации. Терапевтът е в състояние да различи натрупания стрес в мускулите и други меки тъкани, като чрез специфичните движения съдейства за възстановяване и облекчаване на болката.